工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神 离开陆地后，他很少睡得安稳，似乎每晚都是从刚入睡时就开始做梦。大多数梦的内容很难记住，只有少部分略微清晰，可经常能让他回忆起来就惊出一身冷汗。 今晨最后一个梦是否算噩梦，海歌说不清楚，只依稀记得在倏然睁眼前，见到莫名从东南方天空飞来一团亮白光点，光点以猝不及防之速砸中他那艘已显得有些陈旧的全封闭式核动力生态艇—“火伊人”号的外壳，又从唯一一扇敞开的方形小舷窗中钻了进来。 他惊呼着以为要着火，并为AI服务系统没及时启动防火装置而焦急，光点却未烧穿船体钻进底层发动机内舱，而是被由凯芙拉49与钛合金复合材料制成的厚舱壁反弹出去，落到了生态艇的V型操舵器上。 那光点的亮度本来只相当于一颗视星等是-1.5的星星，可当落上操舵器便爆发赤亮白光，骤然间亮得令人无法直视，犹如给火星燃着的烟花。海歌胆战心惊，半眯着眼从指缝向外张望，直到确定那东西应该不具备火焰的炙烈，所以也不会烧毁操舵器，绷紧的神经才稍稍松弛。 然而他并不能就此心安，比火灾更加可怕的事还等在后面，处于待机状态、显示全向推进器正以自动控制方式工作的多功能雷达导航仪忽然被激活，液晶屏亮了起来，展示出此刻火伊人号经过海域的航道状况，同时女性AI清脆的播报声响起：主人，欢迎回来，请问我该如何为您效劳？奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！